서비스업 세무조사 대비 가이드

서비스업 세무조사 필수 가이드: 주요쟁점 실전 대응법
서비스업에서 빈번하게 발생하는 세무조사 쟁점을 실무 중심으로 정리했습니다. 현장에서 바로 적용할 수 있는 체크리스트와 대응 방안으로 세무 리스크를 최소화하세요.
카카오톡 문의하기
1. 용역의 공급시기와 세금계산서 발급 타이밍
왜 문제가 되는가?
서비스업에서는 '완성'의 개념이 애매합니다. 특히 구독형 서비스, 정기 용역, 장기 계약(경비·시설관리·헬스/PT 등)에서 공급시기 판단 오류로 인한 과소·과다신고, 지연가산세가 빈번하게 발생합니다.
부가가치세법 시행령에 따르면 용역 공급시기는 원칙적으로 역무가 완료된 때, 계속적·정기적 공급은 대가의 수수·지급기일 도래 시점을 기준으로 합니다.
현장 체크포인트
계약서에 '정기 과금 기준일/검수·기성 기준/해지·환불 규정'을 명확히 명시했는가
선수금(선결제 멤버십·연회비·수강료)은 선수수익으로 계상하고, 제공기간별로 공급시기를 안배했는가
세금계산서 발급주기(월·분기)와 회계인식(수익배분)이 일치하는가
주의사항: 세금계산서 발급시기 오류는 가산세 부과 대상입니다. 특히 장기 계약의 경우 공급시기를 명확히 설정하고 문서화하세요.
2. 플랫폼·중개 vs 본인(주체)거래 구분
OTA, 배달·예약앱, 광고대행, 티켓팅 등 플랫폼형 서비스에서는 '총액=매출'로 보느냐 '수수료=매출'로 보느냐에 따라 과세표준이 크게 달라집니다. 특히 공동구매형 소셜커머스 관련 판례에서는 판매·광고대행용역을 제공한 경우 대행(중개)으로 보아 수수료만 과세표준으로 인정한 사례가 있습니다.
현장 체크포인트
약관·정산서에 '계약의 당사자'(공급자)가 누구인지, 대금의 흐름(에스크로/대행수취)이 어떻게 되는지 명확히 했는가
환불·클레임 책임의 귀속(중개자/공급자)이 명확히 규정되어 있는가
광고·홍보 패키지(노출보장·쿠폰 살포) 대가는 광고용역 과세로 분리했는가
실무 팁: 계약서와 정산 문서에 '중개' 또는 '대행' 문구를 명확히 명시하고, 거래흐름도를 작성하여 보관하면 세무조사 시 유리합니다.
3. 역외 전자적 용역의 과세 문제
해외 플랫폼이 국내 소비자에게 전자적 용역(앱마켓·SaaS·클라우드·디지털광고)을 공급하면 한국 VAT 등록·신고(간편사업자등록) 의무가 발생합니다. 또한 국내 사업자가 해외 전자서비스를 B2B로 수입하면 수입세액(역외 용역 대리납부/역전세) 이슈가 발생합니다.
"부가가치세법 제53조의2(전자적 용역), 시행령 제96조의2(간편사업자등록 등)에 따라 해외 사업자의 국내 소비자 대상 전자적 용역 공급 시 간편 등록·신고 의무가 있습니다."
현장 체크포인트
우리 회사가 국내 소비자에게 전자적 용역(디지털 콘텐츠·구독) 제공? → 간편등록 대상 검토
우리가 해외 플랫폼에 지불(앱스토어 수수료·광고·클라우드 등)? → 수입분 대리납부(역전세) 요건·절차 점검
알아두세요: 해외 클라우드·광고비의 경우, 수입용역 대리납부(역전세) 후 과세사업 관련이면 매입세액 공제가 가능합니다. 면세사업 관련이나 사업무관 지출은 공제되지 않습니다.
4. 국외제공용역 영세율(0%) 판단 기준
왜 문제가 되는가?
컨설팅, 디자인, 개발·테스트, 촬영·행사 운영 등은 수행 장소가 혼재되는 경우가 많습니다. 영세율 적용을 위해서는 본질적 역무가 국외에서 수행되었는지가 관건이며, 대금 통화(원화/외화)는 본질적 요소가 아닙니다.
법적 기준
부가가치세법 제22조에 따라 '용역의 국외공급'은 영세율 적용 대상입니다. 국외에서 주요·본질적 용역 수행 여부는 사실판단 사항으로, 서면-2017-부가-0634 등의 사례를 참고할 수 있습니다.
현장 체크포인트
계약·작업기록·출장·출입국·현지 비용 등 현장증빙 보관
국내 수행분(기획·PM 등)과 국외 수행분을 구분기장
영세율 첨부서류(시행규칙상 지급방법 요건 등) 준비
자주 묻는 질문: 국외에서 수행한 컨설팅을 원화로 받았는데 영세율이 적용되나요?
답변: 대금 통화와 무관합니다. 본질적 역무가 국외에서 수행되었음을 입증하면 영세율 적용이 가능합니다(사실판단).
5. 수입(역무)용역의 대리납부 및 환산·신고
국내 사업자가 해외 사업자로부터 용역(컨설팅·광고·클라우드 등)을 공급받으면 대리납부/자진납부 이슈가 발생합니다. 이 과정에서 환율환산, 불공제·공제 구분 등 여러 세무 쟁점이 생깁니다.
01
계약 및 증빙 확인
해외 사업자와의 계약서 검토 및 세금계산서 발급이 불가능한 경우 자진납부 처리 필요
02
환율 적용 및 과세표준 산정
외화 지급액에 대한 적정 환율 적용 및 과세표준 산정 근거 문서화
03
공제 가능성 검토
과세사업 관련 매입세액인지 확인, 면세·비과세 관련분은 제외
04
신고 및 납부
부가가치세 신고 시 '자진납부세액'으로 신고하고 적법한 절차에 따라 납부
부가가치세법상 대리납부 제도는 역외 사업자의 용역 수입 시 국내 위탁자·수입자에게 납세 의무를 부여합니다. 이를 통해 국내외 서비스 간 과세형평성을 확보하고 있습니다.
6. 취소수수료·노쇼(위약금)의 과세 여부
호텔·여행·교육·행사대행·병원 등에서 노쇼·해약 위약금을 받을 때, 이를 부가세 과세표준에 포함할지 제외할지가 중요한 쟁점입니다. 국세청의 유권해석에 따르면 재화·용역 공급 없이 받는 위약금·손해배상금은 부가세 과세대상이 아닙니다.
"서비스 미이용에 따른 순수한 손해배상 성격의 위약금은 용역의 공급 대가가 아니므로 부가가치세 과세대상이 아닙니다."
현장 체크포인트
약정서상 '손해배상/위약' 규정과 '대가성(대가 포함/대체)의 유무'를 명확히 구분했는가
회계는 영업외수익 등으로 처리하고, 세금계산서 발급을 금지했는가(과세대상 아님)
다만 지연이자·대가의 일부로 기능하는 경우는 과세될 수 있으므로 사실관계를 분리했는가
주의사항: 노쇼 수수료에 부가세를 표시해 달라는 요청이 있어도, 대가관계 없는 손해배상/위약이면 세금계산서 발급이 불가합니다(영수증/계산서로 대체). 실제 공급된 서비스의 대가 일부라면 과세될 수 있으니 약정·실질에 따라 구분하세요.
7. 포인트·쿠폰·바우처의 과세표준 처리
1
발행 시점
멤버십 포인트·적립금·쿠폰·상품권(서비스권 포함) 발행 시 회계처리 방법 결정
2
사용 시점
자사 포인트는 에누리(과세표준 제외), 제3자 정산형은 리베이트·장려금 성격으로 과세표준에 포함
3
미사용 소멸 시점
미사용 포인트·바우처 소멸 시 회계처리 및 세무처리 방법 확정
대법원의 'L-포인트' 사건에서는 포인트 차감은 에누리로 보아 과세표준에서 제외할 수 있다는 취지의 판단이 있었습니다. 이는 서비스업에서 포인트·쿠폰 운영 시 중요한 참고 사례가 됩니다.
현장 체크포인트
포인트가 우리 회사가 부여하고 차감한 할인인지(에누리) vs 제3자 정산형 보전금인지(리베이트·장려금 성격) 구분했는가
바우처·이용권 선판매: 선수수익/공급시기 분할, 미사용분(파기·소멸) 처리기준을 수립했는가
고객 유인용 무상 제공 서비스가 내부·특수관계인에게 제공될 경우 '용역의 자가공급' 과세 여부를 검토했는가
8. 프리랜서/외주 인력의 근로자성·소득구분 & 원천징수
'3.3%' 관행으로 모든 외주 인력을 사업소득으로만 처리하다가 근로자성이 인정되면 근로소득 원천징수·4대보험 미이행 가산세/추징, 체불이자 등 큰 리스크가 발생합니다.
고용노동부의 근로자성 판단 9요소(업무지휘·근태구속·전속성 등)를 기준으로 실질적인 근로관계 여부를 판단해야 합니다. 또한 해외 인력·외국법인에 지급 시에는 비거주자·외국법인의 국내원천 인적용역소득·사용료/사업소득 구분에 따른 원천세율과 조세조약 적용 여부도 고려해야 합니다.
현장 체크포인트
실질이 근로에 가까우면 3.3%가 아니라 근로소득 원천징수 적용
해외 인력 대가 지급: 국내원천성·조약상 제한세율·PE 유무, 세무서류(거주자증명 등) 확보
계약서상 명칭이 아닌 실질적 업무 형태에 따른 소득 구분 적용
서비스업 세무조사 대비 실무 체크리스트
계약 관리
계약서 5요소: 공급자·대가·공급시기(검수/정기/선수)·해지/위약 규정·증빙(정산서/세금계산서) 점검
플랫폼 거래
'대행/중개' 문구·정산흐름·환불책임에 따른 수수료과세 or 총액과세 구분
국외 거래
국외수행 여부(출입국/현장사진/보고서)·영세율 서류·역전세 신고 관리
가격조정
포인트·쿠폰·협찬·리베이트의 에누리 vs 과세표준 포함 구분
조사 대응 시에는 거래 프로세스 흐름도 + 증빙 매핑표(계약→주문/예약→제공→검수→정산→세금계산서/현금영수증)를 업종별 시나리오로 준비하면 조사·경정 리스크가 크게 감소합니다.
핵심 조언: 경계선(광고/접대, 에누리/장려금, 중개/본인거래, 면세/과세, 국외/국내)의 건은 판단근거 메모를 전표·정산서에 남기세요. 조사 시 '사후설명'보다 '사전기록'이 훨씬 강력한 증거가 됩니다.
현금영수증 의무발급업종(병·의원·학원·숙박·미용·수리·대리운전 등)은 POS·예약앱·플랫폼 정산내역과 홈택스 전자증빙의 누락·불일치 자동대사 시스템을 구축하는 것이 좋습니다. 또한 겸영사업(과세+면세)의 경우 매입세액 실지귀속/안분 체계와 면세비율 관리를 철저히 해야 합니다.