감모율 산식·기준치(공정별 표준비용, 과거 실적, 업계 벤치마크)와 내부 승인 프로세스 문서화
스크랩·부산물 판매는 전자계근·출하전표·수금대사로 누락 방지
재고자산 관련 쟁점은 일반적으로 증빙의 일관성과 객관적 입증이 핵심입니다. 특히 폐기 과정에 대한 사진이나 동영상을 남기고, 외부 전문업체를 통한 폐기 시에는 관련 계약서와 영수증을 반드시 보관해야 합니다. 감모율은 산업 표준이나 과거 실적을 바탕으로 합리적인 기준을 설정하고 이를 문서화하는 것이 중요합니다.
기계·설비 관련 비용: 자본적 지출 vs 수익적 지출
쟁점 개요
공장 이전·증설·라인개조 과정에서 기초공사/개선은 자본적 지출로, 해체·운반·재조립·보수는 수익적 지출로 처리해야 한다는 기본 원칙이 있으나, 실무에서는 혼합 케이스가 많아 분쟁이 발생합니다.
대표 사례
낡은 설비·전기시설 원상회복은 수익적 지출로 본 대법 판례(87누749)
특정 기계에 직접 연결된 기초공사는 자본적 지출(98두2539)
설비 이전 시 해체·조립·상하차 인건비는 일반적으로 수익적 지출로 인정
실무 체크포인트
견적서, 발주서, 검수서, 준공문서, 시운전 보고서에 공사 범위(개선 vs 유지)를 명확히 표기해야 합니다.
동일 계약서 내에서도 비용을 구분하여 항목화(기초·기단, 앵커링, 방진 등은 자본적 지출 / 해체·운반 비용은 수익적 지출)하는 것이 중요합니다.
설비 투자 시에는 계약 단계부터 세무적 관점을 고려하여 문서를 작성해야 합니다. 특히 계약서에 자본적 지출과 수익적 지출에 해당하는 항목을 명확히 구분하고, 검수와 준공 문서에도 이러한 구분이 일관되게 반영되어야 세무조사 시 불필요한 분쟁을 예방할 수 있습니다.
수출·영세율: 위탁가공/수리 후 재수출/견본품
쟁점 개요
제조업체는 위탁가공, A/S를 위한 반입·수리 후 재수출, 견본·시료 반출 과정에서 '재화 공급'인지 '용역'인지에 따라 영세율 적용범위와 증빙요건이 달라집니다. 이 구분이 명확하지 않을 경우 세무 리스크가 발생합니다.
대표 사례
수리 후 재수출 시 과세표준·면세/영세율 적용 관련 심판례
위탁가공(원료 무환반출 등)의 영세율·세금계산서 발급 이슈
견본품·시료 반출 시 재화공급으로 볼 것인지, 영세율 적용 여부 및 증빙 요건
실무 체크포인트
거래유형별로 주된 공급(재화/용역)의 판단기준을 명확히 정리하고, 수출면장·내국신용장/구매확인서·인도증빙이 일치하도록 관리
A/S의 경우 부품 공급(재화)과 수리용역을 명확히 구분하고, 세금계산서 처리 시나리오를 미리 매뉴얼화하여 일관성 있게 적용
영세율 적용을 위해서는 거래의 실질이 명확히 드러나는 증빙 체계를 갖추는 것이 중요합니다. 특히 위탁가공의 경우 원자재 반출부터 완제품 반입까지의 전 과정을 문서화하고, A/S 관련 거래는 부품 공급과 수리용역을 계약서 및 세금계산서 상에서 명확히 구분해야 합니다. 견본품 반출 시에는 반출 목적과 수량의 적정성을 입증할 수 있는 자료를 구비해야 합니다.
세금계산서 이슈: 발급시기·사실과 다른 계산서·가산세
제조업체는 실물거래가 있더라도 세금계산서 발급시기 오류, 수정발급 지연, 또는 중간상 포함 구조 등으로 인해 매입세액 공제 불인정 및 가산세 부과 리스크에 노출됩니다.
중간상이 개입된 거래구조에서는 실거래 당사자, 인도·검수, 운송·결제흐름 증빙을 체계적으로 관리하여 '사실과 다른 세금계산서' 판단을 방지해야 합니다.
발급기한 준수 시스템 구축
법정 발급기한을 준수할 수 있도록 내부 프로세스를 정비하고, 지연 발급 위험을 모니터링하는 시스템을 구축해야 합니다.
무상 수입부품(설비 설치용) 관련 수입부가세 매입세액 공제
완전자회사나 모회사로부터 무상으로 반입한 설비 설치용 부품에 대한 수입세금계산서를 '사실과 다른 것'으로 보고 매입세액을 불공제하는 과세처분이 빈번하게 발생하고 있습니다. 그러나 2025년 심판에서 이러한 과세처분이 취소된 사례가 등장했습니다.
대표 사례
반도체 설비 설치부품 무상수입 사건에서 매입세액불공제 처분이 취소된 사례: 조심2022중5524(2025.5.13). 무상으로 반입된 부품이라도 실질적인 거래가 존재하고 과세표준이 합리적으로 산정되었다면 매입세액 공제가 가능하다는 판단이 내려졌습니다.
실무 체크포인트
위탁설치 계약·Back-to-back 공급계약, B/L·수입면장·설치검수 등 일련의 문서를 통해 거래의 실질을 명확히 소명해야 합니다.
무상반입이라도 재화·용역 공급 흐름과 과세표준 산정이 합리적이면 매입세액 공제 가능성이 높습니다.
관련 계약서에 부품 공급의 목적과 설치 조건을 명확히 명시하는 것이 중요합니다.
무상 수입부품에 대한 매입세액 공제를 인정받기 위해서는 거래의 실질과 경제적 실체를 입증할 수 있는 증빙을 체계적으로 관리해야 합니다. 특히 국제거래에서는 계열사 간 거래 구조와 각 당사자의 역할, 책임, 위험 부담 관계를 명확히 문서화하는 것이 중요합니다.
공급시기(설비·기계): 설치·시운전·검수 조건
1
쟁점 개요
산업용 설비는 검수·설치완료를 조건으로 공급이 확정되는지, 중간·장기지급 조건에서 공급시기가 언제인지가 주요 조사 포인트입니다. 이는 세금계산서 발급시기와 직결되어 매입세액 공제 여부에 영향을 미칩니다.
2
대표 사례
검수·설치완료 확인서 교부일을 공급시기로 본 해석사례
기계설비 설치공사에서 시운전 완료·정상가동 시점에 공급시기가 인정된 사례
납품이 미완료되거나 회수된 경우 공급 확정 여부를 엄격하게 판단한 사례
3
실무 체크포인트
계약서에 공급·대금지급·검수·위험이전 시점을 명확한 조문으로 기재하고, 설치완료·시운전 기록·검수서의 일자가 일치하도록 관리해야 합니다. 이를 통해 공급시기에 대한 불필요한 다툼을 예방할 수 있습니다.
설비 도입 시에는 계약 단계부터 세무적 고려사항을 반영하여 공급시기, 대금지급 조건, 검수 방법, 위험 이전 시점 등을 명확히 규정해야 합니다. 특히 설치와 시운전이 필요한 대형 설비의 경우, 설치완료와 검수완료 시점을 문서화하고 이에 맞춰 세금계산서를 발급받는 것이 중요합니다. 또한 설치 과정에서 발생하는 추가 비용이나 변경사항에 대해서도 문서화하여 관리해야 합니다.
이전가격(특수관계자 거래) – 보상조정(Compensation Adjustment) 인정
쟁점 개요
다국적 제조사의 원재료 수입·반제품 거래에서 모회사와의 보상조정으로 최종 영업이익률을 정상가격 범위에 맞춘 경우, 세무당국이 개별 거래처별로 이전가격을 재산정하여 과세하는 경우가 발생합니다.
대표 사례
조심2024서0201(2025.1.9): 보상조정을 통해 정상가격이 반영되었다면 개별 거래별 별도 과세는 부당하다고 판단한 사례입니다. 이는 전체 사업연도의 영업이익률이 정상가격 범위 내에 있다면 개별 거래별 검토는 불필요하다는 원칙을 확립했습니다.
80%
APA/MAP 활용
정상가격 산출방법 사전승인(APA) 및 상호합의절차(MAP)를 적극 활용하여 이전가격 분쟁을 사전에 예방하는 기업들의 비율
75%
연간 TP 문서화
기능·위험 분석, 벤치마크 등 이전가격 문서화를 결산 전에 정기적으로 검토하는 기업들의 비율
90%
보상조정 증빙
보상조정 내역과 법인세 신고서(소득금액조정명세서)를 체계적으로 연동하여 관리하는 기업들의 세무조사 대응 성공률
이전가격 문제는 다국적 제조기업에게 핵심적인 세무 리스크입니다. 보상조정을 통해 정상가격 범위 내 영업이익률을 달성하더라도, 그 과정과 근거를 체계적으로 문서화하지 않으면 세무조사 시 문제가 될 수 있습니다. 특히 국제거래에서는 APA나 MAP 등의 제도를 활용하여 사전에 세무 리스크를 관리하는 것이 중요합니다.
제조업 세무조사 대응 핵심 요약
증빙의 일관성
계약–설계/지시–검수–회계–세금계산서–결산 보고까지 모든 문서가 일관되게 연결되도록 관리하세요.
거래 실질 입증
주된 공급의 성격, 권리·위험 이전 시점을 명확히 하고 이를 뒷받침하는 증빙을 확보하세요.
표준 매뉴얼 구축
R&D vs 유지보수, 설비 이전·개선 비용구분, 수출·영세율 요건, 세금계산서 발급시기에 대한 표준 매뉴얼과 체크리스트를 개발하세요.
전사 교육 실시
세무 이슈에 대한 인식을 높이기 위해 관련 부서 담당자들을 대상으로 정기적인 교육을 실시하세요.
사전 검토 체계
주요 거래나 계약 체결 전에 세무적 검토를 수행하는 프로세스를 구축하여 사후 분쟁을 예방하세요.
제조업 세무조사에서 증빙의 일관성과 거래 실질 입증은 가장 핵심적인 성공 요소입니다. 특히 계약서 작성 단계부터 세무적 관점을 고려하여 문서를 작성하고, 거래의 전 과정을 일관되게 문서화하는 것이 중요합니다.
로열티·사용료 원천징수 및 소프트웨어 대가의 소득구분, 임직원 성과급·특별상여 손금 인정 등의 쟁점도 실무에서 중요하게 다루어져야 합니다. 이러한 영역에서도 계약서의 명확한 작성과 관련 증빙의 체계적 관리가 필수적입니다.
세무 리스크 관리는 사후 대응이 아닌 사전 예방이 핵심입니다. 주요 거래나 의사결정 전에 세무적 영향을 검토하는 프로세스를 구축하고, 전사적으로 세무 인식을 높이기 위한 교육을 정기적으로 실시하는 것이 장기적으로 효과적인 전략입니다.