건설업체를 위한 세무 위험 최소화 가이드

건설업 세무조사 필수 가이드: 주요쟁점 실전 대응법
건설업 특유의 복잡한 세무 환경에서 발생하는 10가지 핵심 쟁점과 해결책을 제시합니다. 공급시기 오류부터 하자보수충당금 처리까지, 국세청 조사에서 자주 지적되는 사항을 전문가의 시각으로 분석했습니다.
카카오톡 문의하기
건설용역의 공급시기 결정 오류와 대응방안
왜 문제가 되는가?
많은 건설업체가 공급시기를 단순히 '준공일'로만 보거나, 대금 수령일에 맞춰 임의로 세금계산서를 발행하여 매입세액 불공제 및 가산세 처분을 받고 있습니다.
완성도기준지급(기성) 계약의 경우, 검사·기성확인 등으로 대가 각 부분이 확정되는 때가 공급시기이며, 분쟁으로 법원 확정판결로 금액이 확정되면 판결 확정일 또는 상고기간 만료일이 공급시기가 됩니다.
주요 사례
"완성도기준지급조건부"는 검사·대가지급 확정 시점을 공급시기로 보아 세금계산서 발급(예규·심판례)
기성금 다툼으로 법원 판결로 대가가 확정되면 판결 시점이 공급시기
계약서에 지급기일 약정이 없고 단순 기간만 정했다면 공사완료시 공급시기(심판)
실무 대응책
계약서에 기성 절차(청구·검사·지급기한)를 명확히 규정
각 단계의 증빙(감리확인서·기성검사서·세부산출내역)을 현장별로 체계적 보관
선발행 요건(7일·30일 특례 등) 충족 여부를 홈택스 기준으로 확인
공급시기 오류는 건설업체가 가장 빈번하게 겪는 세무 위험입니다. 특히 장기 공사나 분쟁이 발생한 현장에서는 더욱 주의가 필요합니다. 국세청 세무조사에서도 이 부분을 중점적으로 검토하므로, 체계적인 증빙 관리가 필수적입니다.
하자보수보증금·유보금의 공급시기와 과세표준
오류 발생 원인
기성금 중 일부를 하자보수보증금 명목으로 유보할 때 '나중에 받으니 그때 과세'라고 착각하여 공급시기를 늦추는 오류가 빈번합니다.
완성도기준지급 계약에서 기성대가가 확정되면, 보증금 유보분이라도 원칙적으로 그 기성분 공급시기가 도래합니다. 다만 보증금 자체를 별도 조건부 지급으로 본 예규 취지도 있어, 계약·검사·대가지급 확정 구조를 문언대로 설계해야 합니다.
실무 대응 방안
계약서 명확화
계약서에 보증금 유보의 법적 성격을 명확히 명시하십시오. 기성 확정분의 일부 유보인지, 아니면 조건부 대가인지 구분해야 합니다.
세금계산서 발행 시점 관리
세금계산서 발행 타이밍을 검사완료·대가지급 확정과 일치시키고, 관련 증빙을 체계적으로 보관하여 세무조사에 대비하십시오.
일관된 회계처리
하자충당·하자보수비 지출은 부가가치세와 법인세 처리를 일관되게 관리하여 세무 리스크를 최소화하십시오.
장기공사 손익귀속(법인세) - 작업진행률 계산 오류
쟁점 사항
총공사예정비·총공사비누적액 산정이 부정확하여 진행률 조작(초기 과다원가 추정 등)으로 수익이 왜곡되는 경우가 많습니다.
세법상 기준
법인세는 장기공사에 진행기준을 적용하며, '당기말까지 발생한 총공사비 누적액 ÷ 총공사예정비'로 작업진행률을 산정합니다. 시행사·시공사 역할이 달라도 합리적으로 추정한 전체 공사원가 기준으로 평가됩니다.
주요 사례
"시행사도 시공사 진행률만 볼 게 아니라 자체 지출 포함 총공사비로 작업진행률 산정해야"라며 과세 적법 판단(법원)
"공사초기 예정원가 과대추정 등으로 수익지연 인식은 위법" 판단(국세청 판례DB)
실무 대응 방안
감리보고·공정표·시공사 진척보고를 근거로 총공사원가를 합리적으로 추정하십시오.
설계변경·추가공사·미착공 항목을 예정비에 과도하게 반영하지 마십시오.
착공 전 항목·사후 추가시설 등은 총공사예정비 산정 시 특히 주의해야 합니다.
작업진행률 산정 내역과 근거자료를 체계적으로 보관하여 세무조사에 대비하십시오.
추가·변경공사, 분쟁/판결에 따른 공급시기·세금계산서 정리
쟁점 사항
설계변경·추가공사에 대한 금액 확정 시점과 세금계산서 정리가 어긋나면 사실과 다른 세금계산서/시기불일치로 불공제 및 가산세가 부과됩니다.
세법상 기준
추가공사 대금이 법원 판결 등으로 사후 확정되면, 그 확정 시점에 해당분 공급시기·세금계산서 이슈가 발생합니다. 또한 기성검사·지급기한 약정이 있으면 검사완료일/기한 도래일이 공급시기로 본 심판례들이 축적되어 있습니다.
대표 사례
"법원 판결로 추가 대가 수령분은 추가용역 대가로 보아 해당 시기 과세"(예규)
"기성청구·검사·지급기한 약정 시 검사완료일+지급기한 기준 공급시기로 본 심판례"(다수)
실무 대응 방안
변경계약서, 공문, 설계변경 승인서, 판결문 등으로 대가 확정의 객관적 증빙을 철저히 관리하십시오.
이미 발행된 세금계산서는 수정세금계산서 요건에 맞춰 적시에 정리하십시오.
분쟁 해결 후 세금계산서 정리 시에는 법률 자문을 받아 처리하는 것이 안전합니다.
공동수급체/주계약자관리방식(JV) 세금계산서 흐름 오류
쟁점 사항
공동도급에서 대표사가 전부 발행하거나, 구성원이 발주자에게 직접 발행하는 등 세금계산서 흐름을 잘못 잡아 불공제·누락이 발생하는 사례가 많습니다.
세법상 기준
원칙적으로 구성원 각자가 자기 지분분을 발주자에게 발행합니다. 다만 주계약자관리방식으로 대표자가 대가 수령·분배하면, 대표자가 발주자에게, 구성원은 대표자에게 세금계산서를 발행하는 방식이 허용됩니다.
공동수급체 유형별 세금계산서 발행 구조
공동이행방식
각 구성원이 자신의 지분에 해당하는 세금계산서를 발주자에게 직접 발행합니다.
주계약자관리방식
대표사가 발주자에게 전체 공사에 대한 세금계산서 발행, 구성원은 대표사에게 자신의 지분에 대한 세금계산서 발행
분담이행방식
각 구성원이 자신이 수행한 부분에 대한 세금계산서를 발주자에게 직접 발행합니다.
실무 대응 방안
JV 협약서에 대가 수령·분배·세금계산서 흐름을 명문화하십시오.
대표자 일괄 발행 시 구성원 매출 누락·차명계좌 리스크(조사 단골 지적사항)에 주의하십시오.
공동도급 유형에 맞는 세금계산서 발행 체계를 명확히 수립하고 일관되게 적용하십시오.
자료상·허위 세금계산서(자재·장비대) 리스크
세무조사 고위험 분야
건설현장 자재·장비 매입 관련 허위 세금계산서는 국세청 세무조사의 핵심 타깃입니다. 매입세액 불공제뿐 아니라 형사고발까지 이어질 수 있는 중대한 위험 요소입니다.
1
문제의 핵심
현장 자재·장비 조달에서 자료상 개입, 차명 거래, 실제 미투입 등으로 매입세액 불공제·가산세·형사 이슈까지 번지는 경우가 많습니다. 거래 실재성 입증 실패 시 매입세액 불공제가 원칙입니다.
2
최근 동향
다만 공급시기 착오 등 단순 형식오류고 실거래 입증이 되면 공제를 인정한 심판례도 최근 나오고 있어 사안별 구별이 필요합니다.
3
대표 사례
"자료상과 거래한 세금계산서 매입세액 불공제"(국세청 사례집)
"공급시기 오기라도 거래사실 명백하면 공제 인정"(최근 심판례)
실무 대응 방안
현장 반출입대장·사진·검수서·운반전표까지 묶어 실재성을 철저히 증명하십시오.
장비대는 임대 vs 도급 구별(운전원 포함 용역성 여부)을 명확히 하고, 이에 맞는 세금계산서 수수 구조를 확립하십시오.
자재·장비 공급업체에 대한 기본적인 실사와 검증을 통해 자료상 거래 리스크를 사전에 차단하십시오.
공사미수금의 대손상각비·부가가치세 대손세액공제
쟁점 사항
미수금이 장기화되어도 대손 요건을 충족하지 못하거나, VAT 대손세액공제 시기를 놓쳐 환급·공제에 실패하는 경우가 많습니다.
세법상 기준
법정 대손사유 충족 시 손금산입이 가능하고, VAT는 대손세액공제로 보전 가능하나, 요건·시기·증빙을 엄격하게 심사합니다(파산·회생·강제집행 실패 등).
주요 법정 대손사유
소멸시효 완성
파산, 강제집행 등 실패
회생계획 인가결정
사업 폐지 후 6개월 경과
부도발생 후 6개월 경과
대손세액공제 절차 가이드
지급명령·소송·집행, 부도확인, 회생개시결정 등 법정 요건 증빙을 확보하십시오.
대손확정 시 VAT 대손세액공제를 해당 신고기간에 반드시 신청하십시오.
신고기간을 놓친 경우 수정신고·경정청구 가능 여부를 세무전문가와 확인하십시오.
대손금 처리 후 회수된 금액은 익금산입 및 VAT 납부 의무가 발생함을 유의하십시오.
국민주택규모 건설용역 면세 범위와 혼합공급 안분
쟁점 사항
국민주택 규모(일반 85㎡ 이하 등) 건설용역의 면세 범위 오판(모델하우스, 철거, 부대시설, 리모델링 포함/제외)과 과세·면세 혼재 시 안분 오류가 빈번합니다.
세법상 기준
국민주택 건설용역 면세는 등록 요건과 업종/부수공사 범위 요건을 충족해야 하고, 동일 단지 내 과세(초과·상가)와 면세 혼재 시 안분이 필요합니다. 단지 기반시설 전부가 면세로 되는 것도 아닙니다.
국민주택 면세 범위 판단 기준
규모 요건
일반주택 85㎡ 이하, 임대주택 149㎡ 이하
등록 요건
주택법상 등록의무 면제자도 국민주택 건설용역 면세 가능(사전답변)
부수시설 판단
모델하우스는 부수 제공이면 면세, 단독 도급은 과세(예규)
기반시설 처리
택지조성·기반시설 전부를 면세로 볼 수 없음(판례·예규)
실무 대응 방안
면허·등록 증빙, 설계서에서 면세 대상 범위를 명확히 구획(부대시설 포함/제외)하십시오.
혼합공급 안분 계산서(면적·공사비·분양가 기준)와 배경자료를 체계적으로 보관하십시오.
면세 적용 근거와 판단 기준을 문서화하여 세무조사에 대비하십시오.
실무자를 위한 종합 점검 체크리스트
1
계약서 점검
기성·검사·지급기한, 보증금 유보, 변경·추가공사 승인 절차 문구가 명확히 존재하는가?
신탁계약서(위탁자·수탁자·수익자 구조)에 세금계산서 발행 주체가 명시되어 있는가?
공동수급체 협약서에 대가 수령·분배·세금계산서 흐름이 명문화되어 있는가?
2
증빙 관리
감리확인서/검사조서/기성청구·지급확정 문서 세트가 체계적으로 보관되어 있는가?
자재·장비 반출입·운반·사진·검수 증빙이 한 묶음으로 관리되고 있는가?
소송·집행 등 법정 대손사유 증빙과 VAT 대손세액공제 신고 타이밍이 점검되었는가?
3
세무 처리
장기공사 진행률 계산 시 총공사예정비·누적액 산정의 합리성이 검증되었는가?
하자보수충당부채와 법인세 손금 처리가 분리 관리되고 있는가?
국민주택 면세 적용 시 등록요건·부수공사 범위·혼합공급 안분 근거가 준비되어 있는가?
토지·건물 일괄거래 시 고시/감정/기준시가 등 합리적 안분근거가 보관되어 있는가?
추가 점검 사항
건설 현장 일용직 노무는 실질상 근로자성이 많아 일용근로 원천징수·지급명세서 제출 누락이 자주 발생합니다. 국세청 일용근로소득 계산·제출 요령을 정기적으로 확인하십시오.
정기적인 세무 위험 진단 계획
25%
분기별 점검
현장별 기성·계약·증빙 관리 상태 점검
50%
반기별 점검
법인세·부가가치세 신고 전 세무 위험 점검
100%
연간 점검
외부 세무전문가와 함께하는 종합 세무 진단